Если ошибся с submodules и добавил его как git@ а не https://

Поможет чудо скрипт (на примере codenjoy)

git submodule deinit CodingDojo/games/engine
git rm -f CodingDojo/games/engine
rm -rf .git/modules/CodingDojo/games/engine
git commit -m "Deleted submodule CodingDojo/games/engine"
git submodule add --force https://github.com/codenjoyme/codenjoy-engine.git CodingDojo/games/engine
git commit -m "Add submodule CodingDojo/games/engine"

Что значит - удалить все, и добавить по-новому